Do Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Toruniu sprawy przyjmowane są głównie w formie odwołań od decyzji i zażaleń na postanowienia. Zgodnie zaś z przepisami Kodeksu postępowania administracyjnego oraz Ordynacji podatkowej, odwołania i zażalenia do Kolegium wnosi się za pośrednictwem organu, który decyzję lub postanowienie wydał. Wyjątkiem od tej reguły jest sytuacja, kiedy to Kolegium wydało orzeczenie jako organ I instancji - wtedy wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy wnosi się bezpośrednio do toruńskiego Kolegium. Odwołania wnosi się w terminie 14 dni od daty doręczenia rozstrzygnięcia stronie. Przepisy szczególne mogą dopuszczać inny termin do wniesienia zaskarżenia.

Terminy załatwiania spraw określają przepisy prawa powszechnie obowiązującego. Załatwienie sprawy w postępowaniu odwoławczym powinno nastąpić w terminie miesiąca od dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy, a w przypadku spraw podatkowych - w terminie dwóch miesięcy. Do terminów podanych wyżej nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa dla dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnień spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu. O każdym przypadku niezałatwienia sprawy w ustawowym terminie zawiadamia się stronę, podając przyczyny niedotrzymania terminu i wskazując nowy termin załatwienia sprawy.
Orzeczenia kolegium zapadają po przeprowadzeniu rozprawy lub na posiedzeniu niejawnym. Orzeczenia kolegium, co do zasady, wydawane są w formie decyzji albo postanowień. Kolegium wydaje orzeczenia po odbyciu. niejawnej narady składu orzekającego, obejmującej dyskusję oraz głosowanie nad orzeczeniem i zasadniczymi motywami rozstrzygnięcia. Sprawę przedstawia członek kolegium wyznaczony jako jej sprawozdawca. Orzeczenia zapadają większością głosów. Członek składu orzekającego nie może wstrzymać się od głosu. Członek składu orzekającego, który został przegłosowany, ma prawo zgłosić przy podpisywaniu orzeczenia zdanie odrębne, uzasadniając je na piśmie w terminie 7 dni od dnia odbycia narady. Orzeczenia kolegium podpisują wszyscy członkowie składu nie wyłączając przegłosowanego.
Kolegium orzeka w składzie trzyosobowym, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej. Składowi orzekającemu przewodniczy prezes lub etatowy członek kolegium. Zasady wyznaczania składów orzekających określa regulamin kolegium. Członkowie kolegium nie posiadający wykształcenia prawniczego lub administracyjnego są wyznaczani do składów orzekających z uwzględnieniem ich kwalifikacji zawodowych.
Przy orzekaniu członkowie składów orzekających kolegium są związani wyłącznie przepisami powszechnie obowiązującego prawa. Kontrolę orzecznictwa kolegiów sprawuje sąd administracyjny na zasadach i w trybie określonych przepisami ustawy o Naczelnym Sądzie Administracyjnym.