Zgodnie z art 3 ustawy z dnia 12 października 1994 r. o samorządowych kolegiach odwoławczych (Dz. U. z 2018 r. poz. 570), kolegia są państwowymi jednostkami budżetowymi. Są to takie jednostki organizacyjne sektora finansów publicznych nieposiadające osobowości prawnej, które pokrywają swoje wydatki bezpośrednio z budżetu, a pobrane dochody odprowadzają na rachunek odpowiednio dochodów budżetu państwa albo budżetu jednostki samorządu terytorialnego.

Podstawą gospodarki finansowej Kolegium jest plan dochodów i wydatków, zwany dalej „planem finansowym”. Projekt planu finansowego przygotowuje Główny Księgowy Kolegium. Zapewnia on też obsługę finansową Kolegium. Plan finansowy zatwierdza Prezes Kolegium. Budżet Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Toruniu ustalany jest corocznie w ustawie budżetowej na dany rok.

Kolegium dysponuje lokalem użytkowym na mocy decyzji Prezydenta Miasta Torunia w sprawie przekazania trwałego zarządu znak WGN.P.MI.72244/57/03 z dnia 31 grudnia 2012 r. Łączna powierzchnia użytkowa zajmowanych przez Kolegium lokali wynosi 721,20 m2. Lokale Kolegium znajdują się na II i III piętrze budynku przy ul. Targowej 13/15. W skład lokali wchodzą: 25 pokoi biurowych, archiwum oraz 2 sale rozpraw. Lokale wyposaża się w sprzęt biurowy i komputerowy. Kolegium posiada także jeden osobowy samochód służbowy.