Sprawy w Samorządowym Kolegium Odwoławczym w Toruniu załatwiane są według kolejności wpływu w ramach następujących działów przedmiotowych:

• oświata (stypendia, pomoc materialna itd.);
• sprawy obywatelskie (handel i pozwolenia na sprzedaż i podawanie napojów alkoholowych, działalność gospodarcza);
• komunikacja, 
• podatki i opłaty lokalne,
• egzekucja administracyjna;
• ochrona przyrody i środowiska, prawo wodne;
• rolnictwo, leśnictwo, rybactwo śródlądowe
• geologia i górnictwo, złoża kopalin;
• polityka przestrzenna;
• gospodarka nieruchomościami;
• świadczenia socjalne i alimentacyjne;
• zatrudnienie socjalne;
• dostęp do informacji publicznej

Załatwienie sprawy w postępowaniu odwoławczym powinno nastąpić nie później niż w ciągu:

1. 1 miesiąca (art. 35 § 3 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. k.p.a.);
2. 2 miesięcy - sprawy podatkowe (art. 139 § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa);
3. 14 dni - sprawy dotyczące dostępu do informacji publicznej (art. 16 ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 6 września 2001 r. o dostępie do informacji publicznej),

przy czym pierwszeństwo mają skargi na bezczynność, wycofania odwołań oraz sprawy wnoszone do samorządowego kolegium odwoławczego przez posłów i senatorów we własnym imieniu, a także w imieniu wyborców.

OPIS OBIEGU SPRAW

Wpływająca do Kolegium korespondencja jest przyjmowana przez wyznaczonego pracownika Biura, a po pokwitowaniu jej wpływu, otrzymuje prezentację zawierającą nazwę Kolegium, datę wpływu pisma, liczbę załączników i podpis osoby przyjmującej pismo na piśmie przewodnim. Do pisma załącza się kopertę, w której nadesłano pismo.

Pisma adresowane imiennie do Prezesa Kolegium otrzymują prezentację na kopercie i doręcza się je Prezesowi bez otwierania koperty.

Pracownik Biura, po wpłynięciu pisma (sprawy), dokonuje jej rejestracji w komputerowym programie ewidencyjnym RESAK. Rejestracja spraw polega na wpisaniu pisma zapoczątkowującego sprawę do repertorium. Sprawy wpisuje się chronologicznie, nadając im kolejne numery. Jeżeli pismo dotyczy sprawy już wszczętej to pismo dołącza się do akt sprawy już zarejestrowanej. Każde pismo dotyczące tej samej sprawy otrzymuje identyczny numer. Nie podlegają rejestracji w repertorium publikacje (gazety, czasopisma, książki, ogłoszenia, prospekty itp.), kartki okolicznościowe, reklamy pisemne.

Po zarejestrowaniu i uzyskaniu numeru stanowiącego sygnaturę akt, sprawy są przekazywane niezwłocznie Wiceprezesowi Kolegium.

Wiceprezes przegląda sprawy, a następnie przydziela je do załatwienia sobie, członkom etatowym lub pracownikom Biura.

Przejrzane i zwrócone przez Wiceprezesa sprawy rozdziela, według dyspozycji Wiceprezesa, pracownik Biura.

Sprawy przydzielone do rozpatrzenia przekazywane są właściwym członkom sprawozdawcom, co odnotowywane jest w repertorium. Ponadto każdy sprawozdawca posiada rejestr, do którego wpisywana jest przydzielona jemu sprawa. Wpis zawiera datę wpływu, sygnaturę sprawy, oznaczenie przedmiotu i podmiotu sprawy.

Po przygotowaniu, w wyniku rozstrzygnięcia składu Kolegium, treści decyzji, postanowienia lub orzeczenia członek Kolegium  sporządza czystopis.

Czystopis przekazywany jest właściwemu składowi Kolegium do podpisu. Sprawy załatwiane pismami oraz odpowiedzi na skargę podpisywane są przez Prezesa, Wiceprezesa lub upoważnionego członka etatowego. Podpisane decyzje, postanowienia, orzeczenia i pisma przekazywane są do właściwego pracownika Biura, celem przygotowania ich do doręczenia stronom postępowania oraz organowi pierwszej instancji wraz z aktami sprawy.

Wszystkie wychodzące sprawy odnotowywane są w repertorium poprzez podanie sposobu załatwienia, daty załatwienia sprawy i wysłania.